Noch mehr Verantwortung für den Religionsunterricht wird auf das Theologische Institut übertragen.

Das Theologische Institut der Estnischen Evangelisch-lutherischen Kirche ist ein Bildungszentrum für die gesamte Kirche, in dem theologische Bildung entwickelt, koordiniert und den Theologen, dem Klerus und den kirchlichen MitarbeiterInnen aus verschiedenen Ämtern zur Verfügung steht, wo ergänzende theologische, pädagogische und musikalische Ausbildung (hoffentlich lebenslang) für Klerus und Laien angeboten wird, und wo theologische Forschung sowie die Herausgabe theologischer Literatur stattfindet.

Zusätzlich zu den gemeindebezogenen Ämtern (Klerus, Kantoren, Lehrer der Sonntagsschule, Jugendleiter) werden auch diejenigen, die in der Sozial- und Gefängnisarbeit engagiert sind sowie Religionslehrer in Schulen (Pädagogischer Zweig) auf ihre Arbeit vorbereitet.

Das Seminar für PastorInnen ist verpflichtend für alle diplomierten TheologInnen, die PfarrerInnen in der EELK werden wollen.

Es gibt ein Gemeindepraktikum neben den Vorlesungen in Praktischer Theologie.