Die Gemeinden sind föderierte oder vereinte protestantische Kirchengemeinden, es gibt aber auch viele selbständige lutherische, "hervormde" und "gereformeerde" Gemeinden. Obwohl unterschiedlich organisiert, gehören sie alle zur Protestantischen Kirche in den Niederlanden (PKN) und orientieren sich an der PKN-Kirchenordnung. In der Kirchenordnung sind die Bekenntnisschriften der drei vereinigten Kirchen aufgenommen.

Die Evangelisch-Lutherische Kirche war schon immer eine Minderheitskirche und auch in der Gesamtheit der PKN bilden die LutheranerInnen nur ein Prozent der Kirche, das heißt ungefähr 15.000 LutheranerInnen, verteilt über 60 lutherische Kirchengemeinde mit etwa 45 PfarrerInnen für die Gemeindearbeit oder mit besonderem Auftrag.

Bei der Strukturierung der PKN achtete man darauf, dass auch die lutherischen Gemeinden berücksichtigt werden. Neben der Generalsynode gibt es auch eine lutherische Synode, die die Belange der LutheranerInnen und ihrer Gemeinden vertritt. Auch ist die Sorge für die Dienstbarstellung der Evangelisch-Lutherischen Tradition und Glaubenslehre in der ganzen Protestantischen Kirche der lutherischen Synode anvertraut. Der lutherische Synodenvorstand ist auch Nationalkomitee für den Lutherischen Weltbund.

Die lutherische Synode wird von verschiedenen beratenden Kommissionen auf dem Gebiet der Theologie, Liturgie, Kirchenmusik, Frauen- und Jugendarbeit sowie Gemeindeaufbau unterstützt.

Die gesamte Pfarrerausbildung geschieht an den Universitäten von Utrecht, Leiden und Kampen. Das Evangelisch-Lutherische Seminar wird von zwei lutherischen Professoren geleitet und hat seinen Sitz an der Universität Utrecht.

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